In epoca medievale il territorio dell'attuale comune è posto sotto l'autorità dei discendenti di Bernardino di Cinigiano, vassalli dei potenti conti Aldobrandeschi del ramo di Santa Fiora. Nel 1254, il casato cede l'accomandigia del castello e dei loro domini terrieri alla Repubblica di Siena. Tuttavia, è un dato di fatto che il comportamento dispotico e prepotente nei confronti delle popolazioni locali, da parte dei signori di Cinigiano, non cessa minimamente, così come è palese che la loro fedeltà a Siena è tutt'altro che comprovata.

Dopo qualche anno la Repubblica si risolve infine di intervenire direttamente. Nel 1278 i Senesi riescono a mettere al bando l'ultimo dei padroni di Cinigiano, con l'accusa pretestuosa di aver assalito un dignitario ecclesiastico che si stava recando in visita al pontefice Giovanni XXI, in quel di Viterbo. Tuttavia le intromissioni di un'altra signoria feudale molto più potente impediscono al comune di entrare in un'epoca di stabilità politica. Nel Trecento si impadroniscono del castello i conti Guidi di Poppi e di Battifolle. Siena riacquista il possesso del territorio di Cinigiano nel 1389, versando una cospicua somma nella casse dell'allora signore conte Francesco di Ugone di Battifolle, ma ancora una volta la sua fiducia viene tradita da un feudatario. Francesco di Ugone infatti continua a tiranneggiare il territorio, in spregio agli accordi presi, fino a quando un'autentica rivolta popolare, nel 1404, lo spodesta e consegna definitivamente la città a Siena. Siena, a sua volta, trascinerà con sé il territorio di Cinigiano nel Granducato di Toscana, dopo la sua definitiva resa al potere fiorentino dei Medici, a metà del XVI secolo. Con il Granducato di Pietro Leopoldo di Lorena il comune di Cinigiano viene trasferito dalla provincia di Siena a quella di Grosseto, nel 1766. Questa nuova collocazione viene successivamente riconfermata all'indomani dell'annessione al Regno d'Italia, avvenuta nel 1859.